Die meisten Web-Entwickler nutzen seit über einem Jahrzehnt MySQL als Datenbank. Im Grunde ist das auch eine gute Wahl, die dem Entwickler viele Möglichkeiten eröffnet. Insbesondere unterstützt MySQL mehrere Engines, von denen InnoDB und MyISAM wohl die wichtigsten und meist verwendeten sind.
Die Engines legen die Art und Weise der physikalischen Speicherung der Tabellen fest. Dabei bietet der Typ InnoDB Transaktionen und Foreign Key-Regeln bei optimaler Performance, ist also in aller Regel die bessere Wahl. MyISAM ist beispielsweise dann vorzuziehen, wenn man eine Volltextsuche in der Tabelle machen will oder GIS-Dateien durchsuchen möchte.
Unter Linux wird bis einschließlich Version 5.1 standardmäßig MyISAM bei der Anlage einer Tabelle ausgewählt. Möchte man als Vorgabe die InnoDB – Engine wählen, trägt man in der Konfigurationsdatei my.cnf die Zeile default_storage_engine = InnoDB ein.
